Pada Tarikh 6 November 2015, Penerbangan Batik Air 6380, Boeing 737-9GP (ER) dengan pendaftaran PK-LBO, menyusuri landasan semasa mendarat sejauh 100 meter di Lapangan Terbang Yogyakarta yang menyebabkan roda pada bahagian bawah hidung pesawat patah. dan sebanyak 16 kecederaan dilaporkan.
Pada Tarikh 4 April 2016, Batik Air Flight 7703, yang dikendalikan oleh Boeing 737-8GP (WL) dengan pendaftaran PK-LBS, bertembung dengan pesawat ATR-42-600 semasa lepas landas dari landasan 24 di Lapangan Terbang Jakarta-Halim Perdana Kusuma (HLP), Indonesia. ATR-42-600, yang dikendalikan oleh TransNusa dengan pendaftaran PK- TNJ yang terdaftar, sedang ditarik. Tiada korban jiwa yang dilaporkan. [34]
